初等教育系积六十余年师范教育办学之经验，坚持以专业建设为核心，以培养学生职业基本技能为重点，以培养高素质的小学教育和特殊教育师资为目标，立足山东、面向全国，为小学教育、特殊教育事业培养优秀的师资和管理人才。

现有小学教育、特殊教育两个本科专业和初等教育、特殊教育两个专科专业，2017年在校生1403人；师资力量雄厚，教学设施齐全：现有教职工40人，具有教授、副教授职称的19人，硕士以上学历18人，专职教师中有中国书法家协会会员、菏泽市拔尖人才、校级教学名师、学科带头人、中青年学术骨干。现有电子钢琴教室、书画教室、微格教室、机器人创新实验室、心理咨询室、言语障碍矫治实验室、言语语言综合训练室、听觉训练实验室、试听统合实验室、自闭与多动症干预实验室等近30个实验实训室，仪器设备价值千万余元，完全能满足教学科研和学生实训的需要。

近几年，全系教师强化教学科研，成效显著；三位教师被评为菏泽学院十大“最受学生欢迎的老师”，四位老师在全国多媒体等大赛中获得大奖；十几项科研项目先后获省市级科研成果奖，出版专著十余部，承担省部级以上重点科研课题十余项，发表学术论文近300篇；初等教育专业被评为菏泽学院特色专业，《小学教育学》等4门课程被评为校级精品课程；小学教育专业群列入山东省“高水平应用型”专业群建设计划。

教学、管理以学生理论知识的掌握和专业技能训练为核心，学生在各种比赛成绩斐然，近几届全国高师高职小学教育专业教学技能大赛中有4名同学获特等奖、28名同学获一、二、三等奖；创新实验室机器人项目连续四年在中国智能机器人大赛上夺得4项一等奖；在第一、二、三届山东省师范生从业技能大赛中6名同学均获大奖；“中华诵·2011经典诵读大赛”中2名同学获全国三等奖；由省教育厅、文化厅等6部门主办的书法大奖赛中几十名同学获金奖、银奖。通过强化学生专业技能训练提高了学生的就业竞争力，70%以上的毕业生当年顺利通过在编教师考试。为了充分发挥特殊教育的专业优势，2016年3月成立了“菏泽市聪慧言语听觉康复中心”，通过开展听障儿童的听力检测、评估、筛查，对植入人工耳蜗的聋儿进行调配和术后康复训练服务，落实产教融合，服务社会。

初等教育系2017年招生的本科专业有：小学教育、特殊教育；专科专业有：小学教育、特殊教育。